Genètica molecular de poblacions humanes: El Projecte 1000 Genomes vol constituir un catàleg profund de la variació genètica humana. Estrictament, la variació genètica, a nivell molecular, consisteix en el conjunt de variants polimòrfiques de la seqüència del genoma humà. Si el Projecte Genoma Humà cercava la seqüenciació completa d’un genoma humà tipus, el Projecte 1000 Genomes té present que, darrera d’un genoma tipus o un genoma consens hi ha una variabilitat. I, si Theodosius Dobzhansky ens deia que en biologia res no té sentit sense la teoria de l’evolució, no és pas menys cert que la variabilitat intraspecífica hereditària és la base mateixa de la teoria de Darwin-Wallace. Però encara podríem dir que, més enllà de la variabilitat de l’ADN genòmic, el 1000 Genomes Project també es preocupa de com es transcriu aquesta variabilitat en l’ARN i en les proteïnes. Podem veure un exemple en un article que Lappalainen et al. publiquen en el darrer número de la revista Nature.
Aquest article, titulat “La seqüenciació transcriptòmica i genòmica descobreix la variació funcional en humans”, empra dades obtingudes de línies cel·lulars limfoblastoides de 462 individus, procedents del 1000 Genomes Project. Els limfoblasts són les cèl·lules precursores dels limfòcits. La forta activitat de síntesi d’ARN i de proteïnes en aquest tipus cel·lular i la relativa facilitat d’obtenció a través de mostres de sang, el fa d’interès per al 1000 Genomes Project.
D’aquestes 462 línies se’n va obtindre la seqüència genòmica (és a dir de l’ADN) així com la seqüència transcriptòmica (la seqüència de l’ARN). Mentre l’ADN genòmic es presenta en cada cèl·lula en un nombre reduït de còpia (2 còpies, en forma de 23 parells de cromosomes), l’ARN, que és transcrit a partir de segments de l’ADN genòmic, és constituït per una enorme variabilitat d’espècies moleculars, cadascuna de les quals es troba en un nombre molt variable de còpies. Una bona part de l’ARN és constituït per l’ARN missatger (ARNm, a partir de la informació del qual se sintetitzen les proteïnes), però també existeix l’ARN ribosòmic (que integra els ribosomes, orgànuls on es produeix la síntesi de proteïnes), l’ARN de transferència (que transporta aminoàcids cap als ribosomes) i l’ARN petit (o microARN, amb un plèade de funcions reguladores sobre l’ARN missatger).
No cal dir que l’obtenció de la seqüència transcriptòmica presenta moltes més dificultats que la seqüència genòmica. 1000 Genomes Project, en aquest sentit, es vanta d’oferir dades basades en un processament uniforme. També l’anàlisi de les seqüències és més complex, ja que no tan sols és rellevant la seqüència sinó també el nombre de còpia.
Lappalainen et al. descriuen una enorme variació entre les 462 mostres analitzades. Són majoria els gens que presenten diferències interindividuals tant pel que fa als nivells d’expressió (nombre de còpies) com a l’estructura dels ARNm. La variació transcriptòmica no és determinada unívocament per la variació genòmica. Per dir-ho d’alguna manera, la diversitat estructural (genòmica) es troba amplificada a nivell funcional (transcriptòmica). Variants genòmiques en gens reguladors tenen un efecte multiplicador en la variació transcriptòmica.
Lappalainen et al. dediquen especial atenció a tota una sèrie de gens dels que se sap que tenen una associació amb malalties, i proven d’inferir relacions causals a través de la variació funcional normal que presenten aquests gens.
Lappalainen et al. han analitzat la variació tant en l’ARN missatger (mRNA) com en l’ARN petit (miRNA). Estudis com aquest poden ajudar a conèixer millor la funcionalitat de l’ARN regulador
