Aquest text fou publicat el 12 de febrer del 2020. Per motius encara no aclarits fou esborrat a principi d’abril, en mig de la polèmica per la gestió de la pandèmia. El torno a publicar per l’interès que pot tenir en aquest sentit
Virologia: Quan el 21 de gener passat parlàvem del brot de pneumònia de Wuhan esmentàvem que hi havia indicis que el coronavirus responsable ja es transmetia d’humans a humans. Llavors el nombre de morts per aquest brot de pneumònia coronavírica era de 6. En el report de l’OMS d’ahir ja parlava de més d’un miler de morts. El risc epidèmic és molt alt a la Xina, on es concentren la immensa majoria de les 43.103 persones infectades registrades. Però el nivell és alt també a escala global. En el mateix report, l’OMS decidia utilitzar com a nom de la malaltia el de “coronavirus disease 2019” (COVID-19), és a dir “malaltia coronavírica 2019”. Paral·lelament el Grup d’Estudi de Coronavirus del Comitè Internacional de Taxonomia de Virus, optava per considerar el virus responsable d’aquest brot com una variant de l’espècie SARS-CoV, sota la denominació de SARS-CoV-2. Aquestes clarificacions terminològiques no són una mera curiositat acadèmica, sinó que tenen una gran rellevància en la percepció global de la situació. Una reunió a Ginebra avui valora la situació en l’actualitat, quan el ritme de creixement del brot sembla haver minvat, però en la presa de decisions per diferents actors hi ha moltes qüestions a considerar. L’exemple del debat sobre la celebració, a final de febrer, del Mobile World Congress, és ben il·lustratiu. Mentre hi ha expositors que es curen en salut i opten per no assistir a cap esdeveniment internacional, avui responsables de salut feien una conferència de premsa a l’Hospital Clínic per tranquil·litzar.
Electromicrografia que mostra una partícula vírica de SARS-CoV
Comunicat del Grup d’Estudi de Coronavirus
Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Christian Drosten, Raoul J. de Groot, Alexander E. Gorbalenya, Bart L. Haagmans, Benjamin Neuman, Stanley Perlman, Leo L. M. Poon, Isabel Sola i John Ziebuhr són membres del Grup d’Estudi de Coronavirus del ICTV, del qual Ziebuhr és el president. De Groot, Gorbalenya, Chris Lauber, Neuman i Ziebuhr són membres del Grup d’Estudi de Nidovirales, l’ordre en el qual s’adscriu la família dels coronavirus, la presidència del qual recau en Gorbalenya. Gorbalenya i Ziebuhr, autors corresponsals d’aquest comunicat, són membres de l’ICTV. Gorbalenya també lidera l’equip DEmARC (de demarcació filogenètica) del qual fan part Anastasia A. Gulyaeva, Lauber, Andrey M. Leontovich, Dmitry Penzar, Dmitry Samborskiy i Igor A. Sidorov. Samborskiy és qui ha generat la classificació de SARS-CoV-2 a través de l’eina bioinformàtica desenvolupada per Gulyaeva. Aquesta classificació fou aprovada per tot el grup.
Els autors tenen paraules d’agraïment per tots els investigadors que han publicat seqüències genètiques en el marc de la iniciativa GISAID, i en particular els que van fer la seqüència genòmica MN908947. Gorbalenya també agraeix les discussions hagudes amb altres membres del Comitè Executiu de l’ICTV.
La recerca de l’equip DEmARC rep finançament del programa Horizon2020 de la Unió Europea, així com de la Leids Universitair Medisch Centrum i de la Deutsche Forschungsgemeinschaft.
El Grup d’Estudis de Coronavirus (CSG, en l’acrònim anglès) parla del brot de Wuhan com un brot d’infeccions de vies baixes respiratòries, que inclouria casos de síndrome de distrés respiratori. La considera el tercer cas de transició (spillover) en el que portem de segle d’un coronavirus que infectava animals no-humans cap a formes capaces d’infectar éssers humans fins al punt de constituir-se en epidèmia. Els altres dos casos foren la SARS (epidèmia iniciada el novembre del 2002 i controlada el juliol del 2003) i el MERS (que, des del juny del 2012, ha produït diversos brots epidèmics).
Els primers símptomes del brot de Wuhan remunten a desembre del 2019. Una vegada identificat l’agent causal com un coronavirus, a principi de gener del 2020, s’optà per la denominació provisional de 2019-nCoV. El CSG, d’acord amb la filogènia del virus i la pràctica taxonòmica, considera el 2019-nCoV com un virus proper al que produí el SARS, i és per això que adoptà la denominació de SARS-CoV-2. Per als diferents isolats individuals que s’han fet i que es faran d’aquest brot proposa que s’indiquin així:
SARS-CoV-2/Isolat/Hoste[espècie]/Data/Localització
L’adscripció a l’espècie SARS-CoV no té a veure amb les manifestacions clíniques de la infecció per SARS-CoV-2. En termes generals, és un virus que produeix símptomes gripals (febre, tos, dificultat respiratòria, dolor muscular, fatiga) i que es pot complicar en pneumònia, síndrome de distrés respiratori agut, sèpsia i xoc sèptic.
SARS-CoV-2 seria, en tot cas, el segon esdeveniment conegut de transmissió zoonòtica cap a humans d’aquesta mateixa espècie. Això mostra com de rellevant és l’estudi de tota la diversitat d’aquesta espècie vírica en els seus reservoris animals.
Un virus nou?
La denominació provisional de 2019-nCoV o de “coronavirus nou” ha tingut sens dubte un efecte en la valoració social d’aquesta epidèmia. El nombre anormalment elevat de casos de pneumònia registrats a Wuhan, concentrat a més en un dels mercats de la ciutat, fou l’indicador que hom era davant d’un brot epidèmic nou. Una vegada identificat l’agent etiològic, un coronavirus, i aconseguida la seqüenciació genòmica d’aquest coronavirus, quedava clar que no era idèntic als virus responsables de la SARS o del MERS.
Els viròlegs, en canvi, consideren que ni el rang d’hostes que pot infectar un virus, ni tampoc els símptomes d’aquesta infecció, són un criteri apropiat per parlar de “virus nou” o per identificar-lo amb un de ja conegut. La identitat del virus rau en el seu genoma, i petits canvis en aquest genoma poden comportar canvis en la virulència o en el rang d’hostes. La taxa evolutiva dels virus d’ARN és elevada, i queda marcada també per processos de co-evolució virus-hoste, que resulten de la interacció entre factors de patogenicitat i de resposta immunitària. Fins i tot, en el curs d’un brot epidèmic, i fins i tot en un mateix pacient, la població vírica evoluciona i és possible d’observar-hi canvis en la seqüència genòmica. Considerat aquest extrem, cada mutació donaria lloc a “un nou virus”.
La diversitat vírica ha d’ésser d’alguna manera tractada per una classificació vírica. La taxonomia vírica s’ocupa d’aquesta classificació. El nivell més baix seria ocupat pels haplotips o seqüències obtingudes en el laboratori a partir d’un isolat concret. Diferents isolats amb característiques comunes constitueixen una variant, i diverses variants poden ésser agrupades a través de l’anàlisi filogenètica.
Els coronavirus són una família de virus embolcallats d’ARN d’orientació positiva que infecten cèl·lules de vertebrats. Les epidèmies de SARS i de MERS han fet que aquesta família hagi pres una gran rellevància clínica. En tots dos casos, hom parlar de “nou coronavirus humà”. En tots dos casos, els símptomes d’aquesta infecció eren molt més greus que els anomenats “coronavirus endèmics”, que s’associen a refredats relativament benignes. En el cas del brot de pneumònia de Wuhan, també es parla de “nou coronavirus humà”.
Dins de la família de coronavirus (Coronaviridae) es reconeixen dues subfamílies, cinc gèneres, vint-i-set subgèneres i quaranta-nou espècies. Al seu torn, els Coronaviridae són classificats en el subordre Cornidovirineae, l’ordre Nidovirales i el reialme Riboviria.
La seqüència tipus de l’epidèmia de SARS és SARS-CoV-Urbani, denominada així per Carlo Urbani, el metge i microbiòleg italià que identificà la malaltia, i que morí d’ella. Sota el nom de “Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus” s’inclouen el SARS-CoV-Urbani i tota una altra sèrie de seqüències que tenen prou convergència per ésser considerades de la mateixa “espècie”.
La classificació vírica es basa en la genòmica comparada. En el cas dels coronavirus, es compara la seqüència corresponent a les proteïnes replicatives més conservades, codificades en els ORF1a/1b.
La raó de considerar 2019-nCoV com a SARS-CoV-2 es deu al fet que, fent aquesta comparació, queda dins de la variació de l’espècie SARS-CoV. L’espècie SARS-CoV pertany, alhora, al subgènere Sarbecovirus i al gènere Betacoronavirus.
En aquest esquema, hom considera l’evolució divergent dels coronavirus, però també hem de tindre en consideració que també poden haver-hi fenòmens de recombinació homòloga que compliquin l’arbre filogenètic.
SARS-CoV-2 seria, en qualsevol, un virus “nou” d’una espècie ja coneguda. La majoria dels virus d’aquesta espècie són virus de ratpenats.
La situació del brot epidèmic a 11 de febrer
Gràfic semilogarítim de la incidència diària de casos confirmats i de morts degudes al brot de malaltia coronavírica del 2019. Des de fa uns dies, la incidència diària disminueix lleument de ritme
En total, hi ha 45.207 casos confirmats d’infecció per SARS-CoV-2 durant el curs d’aquest brot epidèmic. D’aquests casos, 1.116 han estat letals. Hi ha 4.805 casos que ja han superat la infecció.
Gairebé el 99% dels casos confirmats s’han produït a la Xina continental. No som, doncs, davant d’una pandèmia. És cert, però, que les mesures adoptades de quarantena han estat vitals per evitar-la. El SARS-CoV-2 no és tan virulent com els virus causants del SARS o del MERS, però sí sembla més contagiós.
Lligams:
– Novel Coronavirus (2019-nCov). Situation Report – 22. 11 de febrer del 2020. Organització Mundial de la Salut.
– Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group. Alexander E. Gorbalenya, Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Raoul J. de Groot, Christian Drosten, Anastasia A. Gulyaeva, Bart L. Haagmans, Chris Lauber, Andrey M Leontovich, Benjamin W. Neuman, Dmitry Penzar, Stanley Perlman, Leo L.M. Poon, Dmitry Samborskiy, Igor A. Sidorov, Isabel Sola, John Ziebuhr. (2020).
– COVID-19, pàgina del Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya.
– Neumonía por un nuevo coronavirus COVID-19 en China, pàgina del Ministerio de Sanidad.
– ProMED-mail, amb informació actualitzada de la International Society for Infectious Diseases.
– Phylodinamic Analysis del SARS-CoV-2.
