IntOGen és un projecte d’oncogenòmica integrativa, desenvolupat pel Grup de Genòmica Biomèdica i del Grup de Recerca en Informàtica Biomèdica de la Universitat Pompeu Fabra. Consisteix en una base de dades elaborada a partir de 4623 mostres genòmiques (bé de genoma completa o de transcriptoma/exoma) procedents de tumors, que comprenen 13 localitzacions tumorals. El passat 27 d’octubre s’anunciava el llançament de la versió 2.4.0 de l’IntOGen-mutation analysis pipeline. Aquest llançament ha coincidit amb l’aparició del número de Nature Methods que conté una comunicació sobre aquesta plataforma. Aquesta comunicació la signen Abel González-Pérez, Christian Pérez-Llamas, Jordi Deu-Pons, David Tamborero, Michael P. Schroeder, Alba Jene-Sanz, Alberto Santo i Núria López-Bigas.
Una eina que caracteritza les mutacions pro-tumorals en diferents tipus de càncer
Encara que el report a Nature Methods no es correspon a la versió actual de la plataforma, els principis generals són els mateixos. La motivació de la creació d’IntOGen fou la d’establir mètodes per digerir, en benefici del recercador i del clínic, l’enorme quantitat de dades que hi ha (i que augmenta cada dia) sobre les mutacions associades a línies cel·lulars tumorals. Hi ha moltes dades, que s’han traduït en portals especialitzats en genòmica del càncer, però IntOGen s’adreçava específicament a l’anàlisi sistemàtica de les dades procedents d’aquests projectes de seqüenciació.
En efecte, que hom hagi trobat una mutació en una línia cel·lular tumoral, no vol dir que la mutació sigui la causa de la transformació tumoral. En cada línia tumoral hom pot trobar un bon nombre de mutacions, i només unes quantes han estat realment una condició necessària per al procés de transformació. Cal identificar, doncs, entre les mutacions aquelles que siguin conductores o promotores del procés tumoral (“cancer driver”, en l’expressió anglesa).
La plataforma IntOGen recollia dades d’alteracions transcriptòmiques, és a dir de canvis en els nivells d’expressió dels gens entre les línies cel·lulars normals i les corresponents línies tumorals. IntOGen-mutations, per comptes d’aquella anàlisi quantitativa, es fonamenta en l’anàlisi qualitativa de les mutacions genòmiques.
Si bé en l’actualitat IntOGen-mutations analitza dades procedents de poc més de 4000 genomes diferents, la plataforma es troba preparada per arribar a incloure dades de centenars de milers de mostres. Diferents eines bioinformàtiques computen la rellevància funcional de les diferents mutacions registrades i la freqüència d’aparició en els diferents tipus de tumors. Les mutacions també són agrupades d’acord amb el gen o amb la via de senyalització que afecten. Mentre que les mutacions d’alguns gens es troben de manera general en tota mena de tumors (p.ex. TP52, ARID1A, KRAS o PIK3CA), d’altres són més específics (com l’VHL en tumors renals; MAPK3 i GATA3 en tumors mamaris; STK11 en tumors pulmonars).
L’aplicació en clínica
Els autors admeten que els usos pràctics actuals d’IntOGen-mutations es troben en la recerca bàsica i epidemiològica. No obstant, la plataforma també podria emprar-se per a pacients individuals. En aquest, IntOGen-mutations permetria classificar les mutacions que s’hi haguessin detectat en material tumoral procedent d’una biòpsia: quines mutacions tenen impacte funcional, llista de mutacions que afectin gens vinculats al procés tumoral, llista de mutacions ja observades en altres tumors. Que això sigui rellevant, però, exigeix que avancin els esforços per traduir en desenvolupament terapèutic el coneixement genòmic creixent.
